Việt Nam là một quốc gia nằm ven bờ Biển Đông có vùng nội thủy, lãnh hải, vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa với diện tích trên 1 triệu km²; có bờ biển dài 3260 km và hơn 4000 hòn đảo lớn nhỏ. Biển Việt Nam giữ vai trò quan trọng về môi trường, sinh thái, hàng hải của khu vực và có vị trí chiến lược quan trọng đối với an ninh, quốc phòng và phát triển kinh tế của đất nước. Để khai thác thế mạnh vùng ven biển phục vụ sự phát triển đất nước cần phải có nguồn nhân lực được đào tạo đầy đủ kiến thức về biển.
Nhằm đáp ứng cho yêu cầu trên, Khoa Kỹ thuật Bờ biển thuộc Trường Đại học Thủy lợi đã được thành lập ngày 19/11/2003 với sự giúp đỡ của các cơ quan thuộc Chính phủ Việt Nam và Chính phủ Hà Lan thông qua dự án “Nâng cao năng lực đào tạo ngành Kỹ thuật Bờ biển tại trường Đại học Thuỷ lợi”.
Trong khuôn khổ của Dự án được thực hiện trong 2 giai đoạn từ năm 2001 đến 2009, cùng với việc thành lập Khoa và hoàn thiện chương trình đào tạo, giáo trình bài giảng, phòng thí nghiệm, 100% cán bộ giảng viên của Khoa đã được cử sang đào tạo ở Hà Lan với các trình độ khác nhau, trong đó có 19 Thạc sĩ và 4 Tiến sĩ.
Tháng 2/2007, Khoa được đổi tên thành Khoa Kỹ thuật Biển để phù hợp với chiến lược phát triển của nhà trường.